Wszystkie zarejestrowane leki podlegają obowiązkowi monitorowania działań niepożądanych, czyli niekorzystnych działań leku przy prawidłowym jego stosowaniu, pomimo stosowania się do przeciwwskazań i środków ostrożności zamieszczonych w drukach informacyjnych produktu leczniczego. Tzw. stosowanie off-label, czyli stosowanie poza wskazaniami i sposobem dawkowania zatwierdzonymi podczas oceny dokumentacji w trakcie rejestracji leku, nie są zaliczane do tych działań - np. nieprawidłowe podawanie leku, podawanie pacjentom z wyraźnymi przeciwwskazaniami, jednakże również takie przypadki są analizowane pod katem związku z działaniem leku i mogą mieć wpływ na zamieszczenie dodatkowych ostrzeżeń, inne sformułowanie zapisów dotyczących środków ostrożności, lub cały obraz bezpieczeństwa stosowania danego leku (masowe użycie off-label wraz z wynikającymi z tego niekorzystnymi działaniami może skutkować koniecznością podjęcia dodatkowych kroków zabezpieczających).

Każdy podmiot odpowiedzialny musi posiadać system umożliwiający zbieranie zgłaszanych do niego przez lekarzy raportów o podejrzeniu działań niepożądanych związanych z danym lekiem, oraz ich raportowania do właściwych organów i archiwizacji (tzw. system pharmacovigilance). Za zgłaszanie tych działań do agencji odpowiada konkretna osoba tzw. osoba wykwalifikowana ds. pharmacovigilance (w Polsce musi być to lekarz lub farmaceuta, a dla leków weterynaryjnych lekarz weterynarii).

Działania niepożądane są klasyfikowane m.in. pod kątem ciężkości (ciężkie i nieciężkie działania niepożądane) oraz pod katem ich występowania w zatwierdzonych drukach (działania expected i unexpected). W zależności od ciężkości, charakteru expected/unexpected, kraju w którym miały miejsce oraz typu procedury, w której miała miejsce rejestracja leku (a tym samym głównego organu nadzorującego produkt) działania niepożądane podlegają zgłoszeniu do Europejskiej Agencji Leków, kraju referencyjnego lub narodowej agencji w danym kraju.

W Unii Europejskiej wprowadzono w ostatnich latach system elektronicznego zgłaszania działań niepożądanych, ich przetwarzania i wymiany informacji pomiędzy agencjami (tzw. system Eudravigilance), z czym związane są dodatkowe obowiązki podmiotów.

Na kolejne lata przewidziana jest w Polsce i w Europie zmiana zasad raportowania działań niepożądanych (m.in. raportowanie również działań nieciężkich) i składania raportów okresowych o bezpieczeństwie, co ma na celu wspólną ocenę PSUR dla tych samych substancji czynnych w EU.